当社は、我が大和民族が皇祖と仰ぎ奉る天照大神（あまてらすおおかみ）の御孫にあたられる瓊々杵尊（ににぎのみこと）の御兄、饒速日尊とその御子、可美真手命（うましまでのみこと）の二柱をお祀りしています。
御祭神は日本国の発祥にあたる大和建国に御功績がありました。尊は神武天皇の御東征に先立ち、天照大神から十種（とくさ）の神宝（かんだから）をさずかり、大和建国の任務を受けて天磐船（あめのいわふね）に乗り、哮ヶ峰（たけるがみね）（現在の生駒山）に天降りになりました。そのころ、大和地方にはすでに勢力を拡大している先住の人々がおりました。尊はその一族の家長である長髄彦（ながすねひこ）の妹、登美夜毘売（とみやひめ）（三炊屋媛）（みかしきやひめ）と結婚され、可美真手命がお生まれになりました。その後年月を経て神武天皇の東征に際し、尊と神武天皇はお互いに御所持の天羽々矢（あまのははや）を示し合い、共に天照大神の子孫であることがわかり、尊は長髄彦に帰服をお諭しになり、ここに大和建国は成功しました。
神武天皇はその功績を称え「素より饒速日尊は天より降れる者なるを聞けり而るに今果して殊功を樹てたり」と、劔をお授けになりました。饒速日尊という御神名は「徳が高く広く活発で勇猛であらせられた」という意義をもつ御尊名です。また、可美真手命は、大和地方の治政に尽力されたのはもちろん、物部一族を率いて神武天皇の親衛を勤められ、十種の神宝によるまじないの神法で多くの人々を救いました。可美真手命とは「ご立派な御徳を有されたお方」という意味です。
本社の御鎮座につきましては、今からおよそ七百年前の足利時代の末に、社殿及び宝庫が兵火にかかり焼失したため明瞭ではありませんが、『延喜式神名帳』（えんぎしきじんみょうちょう）の中には、既に当社の社名が記載されており、また『三代実録』（さんだいじつろく）には貞観七年九月に、本社の社格が正六位から従五位に昇格されたことが記されております。
また、天文五年に当社社家である木積氏の祖先藤原行春大人（ふじわらのゆきはるうし）の記した『遺書伝来記』（いしょでんらいき）によると、神武天皇紀元二年、宮山に「上之社」（かみのしゃ）が建てられ、崇神天皇の御代に「下之社（しものしゃ）（本社）」に可美真手命が祀られたとあります。
本社の祭祀は代々木積氏が司ってきましたが、「木積」という姓は本来「穂積」といい、饒速日尊の第七代目に当たる伊香色雄命（いかがしこをのみこと）が、この穂積姓を初めて名のられ、それ以来物部氏の一統として一氏族をつくり、大和を中心として八方に部族を増大させてゆきました。その御祖先である饒速日尊、可美真手命を御祭神と仰ぎ、ここ「石切」の地に御霊代を奉祀申し上げ、本社の御鎮座となったのであります。木積家は代々神職として朝夕、御皇室の安泰、国家の興隆、崇敬者の無事繁栄を御祈祷し、御加護をお願いして参りました。
